认罪认罚制度经过一段时间的试点之后，于2018年10月26日正式成为《刑事诉讼法》的一部分。
认罪认罚制度的确立与实施，对于提高刑事诉讼效率具有极为重要的作用。据某市级人民检察院统计，2018年1月至2018年10月，该市检察系统审结案件10744件，适用认罪认罚的6052件，认罪认罚案件占比为56%，已占所办案件的半数以上。
与认罪认罚相关的一个重要问题，是酌定不起诉的适用。根据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款的规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。此即为酌定不起诉，也是检察系统内部俗称的“构罪不诉”。
由于《刑事诉讼法》第十二条规定，“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”酌定不起诉虽然在检察院看来是“构罪不诉”，但其法律后果实质上是做了无罪处理，被酌定不起诉者在法律上不属于罪犯。酌定不起诉制度对于犯罪嫌疑人而言，意义非常重大，是在适用认罪认罚制度时必须慎重对待的一个问题。
对于认罪认罚制度，新修改的《刑事诉讼法》第一百七十四条第一款规定：“犯罪嫌疑人自愿认罪，同意量刑建议和程序适用的，应当在辩护人或者值班律师在场的情况下签署认罪认罚具结书。” 新修改的《刑事诉讼法》第一百七十六条第二款规定：“犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。” 新修改的《刑事诉讼法》 第二百零一条第一款规定：“对于认罪认罚案件，人民法院依法作出判决时，一般应当采纳人民检察院指控的罪名和量刑建议。”
根据这些规定，认罪认罚的案件，犯罪嫌疑人应当在辩护人或者值班律师在场的情况下签署认罪认罚具结书，人民检察院应当提出量刑建议并随案移送认罪认罚具结书，人民法院判决时一般应当采纳指控的罪名和量刑建议。酌定不起诉，在审查起诉阶段就将案件予以终结，不存在刑事处罚，从而也就不存在犯罪嫌疑人认罚的问题。而犯罪嫌疑人认罚，就意味着放弃了酌定不起诉这一选择。因此， 从法律性质上看，认罪认罚与酌定不起诉存在内在冲突。
不仅如此，相对于酌定不起诉，认罪认罚案件办理的程序更为简单，多数情况下适用速裁程序或者简易程序，速裁程序10分钟左右、简易程序30分钟左右就可以了结一个案件。相对而言，酌定不起诉则程序复杂，根据《人民检察院刑事诉讼规则》第四百零六条的规定：“人民检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，经检察长或者检察委员会决定，可以作出不起诉决定。”
在认罪认罚与酌定不起诉之间，公诉人会天然地倾向于选择认罪认罚，酌定不起诉在认罪认罚广泛适用的背景下，面临着被挤压甚至替代的极大威胁。
仍然以某市为例，根据《2017年度某市人民检察院工作报告》，2017年，某市检察院系统提起公诉11565件16301人，对犯罪情节轻微的案件不起诉2309人，犯罪嫌疑人的酌定不起诉率为12.4%。2018年1月至2018年10月，该市检察系统审结案件10744件，适用认罪认罚6052件，认罪认罚不起诉795件，在认罪认罚案件中有13%的案件作了不起诉处理，酌定不起诉率为7.4%。不知道该市检察机关作酌定不起诉处理的案件是否还存在未适用认罪认罚的情况，如果所有作酌定不起诉处理的案件都是以认罪认罚为前提，则该市的酌定不起诉率已从去年的12.4%下降到了7.4%，下降幅度达40%。
酌定不起诉率的大幅下降，会导致罪犯的增多，监狱里的服刑人员也会相应增加，从而在整体上抵消认罪认罚制度在节约司法资源方面的积极作用。
在刑事辩护全覆盖的背景下，辩护人与值班律师，要充分认识到这一问题对犯罪嫌疑人带来的影响。在犯罪嫌疑人认罪的案件中，如果通过对案件的分析判断，认为犯罪情节轻微依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，应当及时提出建议不起诉的辩护意见，当公诉人要求到场见证犯罪嫌疑人签署认罪认罚具结书时，可以根据情况提出只签署认罪具结书，而不是认罪认罚具结书，以最大限度地维护当事人利益，防止酌定不起诉因认罪认罚而式微。
检察机关也应当注意认罪认罚与酌定不起诉制度之间的内在矛盾，在认罪认罚具结书之外，另行设计认罪具结书，专门使用于可以不起诉的认罪案件，防止酌定不起诉被认罪认罚所挤压甚至替代。
